Computational Molecular Evolution
A graduate course for the biology PhD students at the University of Gothenburg starts on January 28, 2008.
It is based on the book Computational Molecular Evolution by Ziheng Yang.
Instructors: Bengt Oxelman and Serik Sagitov
Place and time : MV, Chalmers, room L14 at 15.15
Days and chapters
- 28/1: Chapter 1 (Serik Sagitov and Bengt Oxelman)
- 12/2: Chapters 3-4 (Helena Wiklund and Mats Töpel)
- 19/2: Chapter 5 (Daniel Gustafsson and Pierre De Wit)
- 26/2: Chapter 6 (Martin Ryberg and Stephan Andersson)
- 04/3: Chapter 7 (Tine and Anna Petri)
- 11/3: Chapters 8-10 (Bengt Oxelman and Serik Sagitov)
Deltagare
bengt.oxelman@dpes.gu.ser
serik@math.chalmers.ser
helena.wiklund@zool.gu.ser
mats.topel@dpes.gu.ser
daniel.gustafsson@zool.gu.ser
stephan.andersson@dpes.gu.ser
martin.ryberg@dpes.gu.ser
anna.petri@dpes.gu.ser
anne-cathrine.scheen@dpes.gu.ser
Diagnostiskt prov
-Vad karaktäriserar en Markov-modell?
-Vilka antaganden gör man om evolution av DNA-sekvenser under JC69-modellen? Under K80 (K2P)?
-Beskriv hur man kan använda gamma-fördelningen för att modellera variation i substitutionshastighet i olika positioner längs en sekvens.
-Beskriv ett träd med termerna kant (edge), hörn (vertex), rot och löv (leaf)
-Beskriv två olika sätt att rota ett träd
-Genträd/artträd, vad är skillnaden? Varför och när är skillnaden viktig?
-Beskriv fyra olika optimalitetskriteria som används för att välja mellan olika trädtopologier
-Förklara kortfattat vad Neighbor-joining är för slags metod
-Vilka antaganden gör som evolutionsprocessen under parsimoni-kriteriet?
-Förklara kortfattat "long-branch attraction"
-Vad är likelihood? Beskriv kortfattat hur man söker rätt på topologin med maximalt likelihood-värde
-Beskriv kortfattat tre olika metoder för att välja modell.
-Beskriv kortfattat Bayes teorem
-Vad är den grundläggande skillnaden mellan Bayesiansk och frekventistisk filosofi
-Beskriv kortfattat Markov Chain Monte Carlo-metoden, och hur den används i fylogenetisk inferens
-Beskriv hur du diagnostiskt kan undersöka hur en MCMC-körning gått med avseende på konvergens, mixning och hur data påverkat priorn
-Vad är idenfierbarhet av en modell?
-Vad karaktäriserar en konsistent statistisk metod?
-Beskriv bootstrap-metoden och hur den kan tolkas i fylogenetisk rekonstruktion
-Givet antagandet om en molekylär klocka, ge exempel på generella fylogenetiska problem som förenklas
-Beskriv vad den molekylära klockan innebär och hur den kan testas
-Beskriv kortfattat två alternativa modeller till den strikta molekylära klockan
-Diskutera hur osäkerheten i en fossilkalibrering kan inkorporeras i en prior-fördelning
Last modified: